Hallo Lillyfee, willkommen und ein frohes Neues.
Ja ich kenne dich aus den Oblivion-Foren noch

Also da du dich ja mit Oblivion und Mods einigermassen auskennst, musst du nicht viel neues dazulernen. Wenn du FO3 über Steam hast, wird dir das Patchen eigentlich schonmal abgenommen. Denn das macht Steam ja Automatisch, es sei denn du hast da unter Einstellungen bei deinen Spielen das automatische Patchen abgeschaltet. Aktivierst du nun die Addons im MM müsste Steam eigentlich mit dem patchen anfangen.
Das wesentliche was sich ändert ist das Verzeichnis wo das Spiel hin installiert wird. Und bei Mods musst du eben darauf achten. Das Verzeichnis wo bei dir Steam ist, dann
steamapps/common/FO3/Data... so zb.
Der MM von FO3 ist etwas fortschrittlicher als der von Oblivion, im Kern bleibt es aber dasselbe. Um auf deine Frage zu kommen, du installierst natürlich erst das Spiel, dann lässt du patchen, dann den MM in das Spielverzeichnis bei Steam installieren. Bei FO3 solltest du vor dem Mod installieren die Schaltfläche "toggle invadilation" aktivieren. Sonst bekommst du die schönen Ausrufezeichen im Spiel, da wo die Mods sein sollten

Emod-5 ist in der Tat das beste Overhaul für FO3, weil du da nicht nur ein neues Balancing bekommst, sondern auch neue viele Missionen und eine Hauptquest. Eine direkte Anleitung gibts dafür nicht, man sollte eben alles entdecken. Bedenke aber das EMOD keine eigenen neuen Char-Verschönerungspacks mit bringt, keine Bodys oder Haare... da musst du dich selbst etwas schlau machen wenn du auf sowas Wert legst. Ich empfehle dir den Nexus für deine Suche
http://www.fallout3nexus.com/ Man muss sich dort aber registrieren und es ist alles auf Englisch.
Aber einen Tipp habe ich: Wenn du noch nicht lange FO3 spielst würde ich EMOD nicht sofort draufmachen. Denn der Schwierigkeitsgrad ändert sich rapide, das ganze Spiel wird völlig umgekrempelt. Wenn du wirklich so gravierende Änderungen früh in kauf nehmen willst, dann nur zu

Ich habe mit Emod über 400 std. im Spiel verbracht, ohne die Addons. Es lohnt sich wirklich. Aber das ganze hat auch eine Kehrseite: FO3 ist leider um einiges instabiler als Oblivion. Es gibt mittlwerweile gute Mods gegen die technischen Probleme, erfordert aber etwas Mühe sich da mit allem vertraut zu machen. Und so ein Brummer wie Emod fordert FO3 natürlich ziemlich heraus, technisch gesehen.
Wenn du detailliertere Fragen hast, stell sie nur. Hier ist zwar nicht viel los aber die Emodler die es hier noch gibt, helfen in der Regel ganz gut

Hier mal so kleine Tipps welche auch nicht so schwer zu installieren sind (wenn du nichts siehst, bei Adult muss man angemeldet sein):
Haare und Augen:
http://www.fallout3nexus.com/downloads/file.php?id=10515Besserer weiblicher Body:
http://www.fallout3nexus.com/downloads/file.php?id=4280 oder hier der von Malo inklusive aller Vanilla-Klamottenverbesserungen (einfach Malo bei search eingeben):
http://www.fallout3nexus.com/downloads/file.php?id=872Das verbesserte Menü und Interface von Darn (etwas scrollen bis zur Downloadverlinkung):
http://forums.bethsoft.com/index.php?/topic/1045221-wipzbeta-darnified-ui-f3/Tja und ansonsten kenne ich ja deinen Geschmack nicht, da musst du dann selbst etwas gucken oder nochmal fragen, auch wenn du technische Probleme (CTD) bekommst.