Ich hatte das gleiche Problem und bei mir funktionierte die Lösung so:
Es laufen ja 3 Leute mit euch mit, wenn ihr Vater gestorben ist. Den einen hab ich gefragt ob er mich mit einer Waffe unterstützen kann. Wenn man dies auswählt und er auch noch verletzt wird, erlebt ihr eine böse Überaschung wenn ihr aus der Kanalissation raussteigt, dann ist die Bruderschaft gegen euch. Also last ihn einfach in ruhe und passt auf das er keine Lebensenergie verliehrt! !!!BUG!!!

zum glück hab ich 5 min vorher nen Spielstand gespeichert....
Dieser Bug scheint nicht bei jedem aufzutreten. Ich gab dem guten eine 10mm und ich würde meine Hand dafür ins Feuer legen, dass er verletzt wurde, ist ja kaum zu verhindern, vor allen Dingen zum Schluss, als wir auf einen Krieger der Bruderschaft trafen und uns nochmal Guhle in den Rücken vielen, ich denke, dabei hätte er fast das zeitliche gesegnet.
Jedenfalls war die Bruderschaft zu mir so freundlich, wie Krieger in Poserrüstungen eben sein können.